La ciudad de Garupá lleva su nombre del arroyo homónimo que la separa del municipio de Candelaria. La denominación “Garupá” proviene de la lengua guaraní y significa “Tierra de canoas” (ga: canoa o embarcación; rupá: cuna o tierra).
La localidad tuvo sus inicios en 1911, cuando Misiones aún era Territorio Nacional. Ese año llegó Bernardo Vicente, junto a su esposa, para desempeñarse como administrador de los campos de la familia Díaz. Posteriormente se asentaron otras familias, conformando el primer núcleo poblacional.
El 12 de junio de 1942 fue aprobada la primera Comisión de Fomento de Garupá, fecha que se reconoce oficialmente como la fundación de la ciudad.
En las Elecciones Legislativas del 8 de junio de 2025, Garupá contaba con 58.017 electores nacionales habilitados para votar, distribuidos en 167 mesas en 25 centros de votación.