Entre 1909 y 1911 llegaron a esta localidad, Nicolás Avellaneda y Alfredo Echagüe. Ambos eligieron la zona porque la provincia de Misiones prometía entonces ventajosas oportunidades a empresas colonizadoras. Ello fue lo que motivó la decisión de levantar esta colonia el 24 de abril de 1911.
En 1920 comenzaron a llegar al lugar inmigrantes suizos, alemanes y de otros países de Europa y América. Transcurrido un tiempo, decidieron vender 4104 hectáreas a La Misionera SAIyC, que en ese mismo año ya contaba con plantaciones de la tradicional riqueza misionera: la yerba mate.
Jorge Van Meremberg, Carlos Benson y Francisco Roberano se hicieron acreedores de las tierras, y luego cedieron parte de los terrenos a la Orden Franciscana, que la utilizó para erigir la aldea indígena Perutí.
Otro de los primeros compradores fue Ernesto Guevara, padre del legendario y mítico comandante Ernesto “Che” Guevara.
La fecha para conmemorar el aniversario del lugar desde 1926, 22 de mayo, fue establecida por los primeros pobladores en devoción a Santa Rita, la patrona de Caraguatay, pero se celebra el 21.
En junio de 2021 se encontraban habilitados 1.743 electores y 24 extranjeros que sufragaron en 5 mesas de la escuela N°467 Seifer Moras.