El 14 de agosto de 1892, mediante un decreto, el entonces presidente de la República Carlos Pellegrini, aprueba la mensura y subdivisión de la Colonia de San José, practicada por el agrimensor Juan Queirel, celebrándose de esta forma la Refundación del Pueblo de San José.
La localidad de San José tiene su origen en una reducción jesuítica llamada San José de Ita-Cua.
Sin embargo, las continuas guerras con los bandeirantes impidieron el normal desarrollo de la localidad, hasta que la batalla de Mbororé terminó con estos ataques.
Ubicado dentro del departamento Apóstoles, es conocido como “El portal de Misiones”, debido a su localización como uno de los principales ingresos a Misiones desde la provincia de Corrientes.
El municipio permite el contacto con importantes ciudades a pocos kilómetros. Se encuentra a 54 km de la ciudad de Posadas por la Ruta Nacional N°105, y a 353 km de Iguazú por rutas sugeridas como Ruta Nacional N°14, Ruta Provincial N°105, o Ruta Provincial N°1.
El Censo del año 2010 contabilizo 7.095 habitantes de los cuales 3.490 eran varones y 3.605 eran mujeres. Para las elecciones del 6 de junio del 2021 se encontraban habilitados para votar 5.907 ciudadanos argentinos distribuidos en 17 mesas de 3 escuelas.