La ciudad lleva el mismo nombre del arroyo que lo separa del municipio de Candelaria. El nombre de Garupá proviene de la lengua guaraní y significa “Tierra de canoas” (ga: canoa o embarcación; rupá: cuna o tierra). La ciudad fue fundada en el año 1911, cuando Misiones todavía era un territorio nacional. En este año llegó, con su esposa, Bernardo Vicente como administrador de los campos de la familia Díaz, junto a la cual llegaron varias más, formando así el primer grupo poblacional. El 12 de junio de 1942 se aprobaba la primera Comisión de Fomento de Garupá. Dicha e histórica jornada es tomada como la fecha oficial de la fundación de esta ciudad.
Actualmente cuenta con extranjeros 83 mesas 36
En junio de 2021 se contaban empadronados y habilitados para votar 12465 personas, 83 extranjeros, distribuidos conjuntamente en 36 mesas de 6 escuelas de la ciudad de Garupá.