En 1641 recibió el nombre de Príncipe de los Apóstoles y, en 1644, pasó a denominarse Santos Apóstoles San Pedro y San Pablo, denominación que dio origen a la tradición de honrar a sus santos patronos cada 29 de junio, fecha del calendario litúrgico dedicada a ambos.
Tras la desaparición de la reducción y el despoblamiento provocado por las incursiones lusobrasileñas, el nombre de Santos Apóstoles Pedro y Pablo permaneció en la tradición local. El 27 de agosto de 1897, la llegada de inmigrantes polacos y ucranianos marcó la refundación de Apóstoles e impulsó una nueva etapa de desarrollo. Su aporte fue fundamental para la producción agrícola, con cultivos de yerba mate, tabaco, té, mandioca y hortalizas, y para el surgimiento de actividades industriales y de servicios vinculadas a la producción.
La tradición religiosa vinculada a San Pedro y San Pablo también se recuperó con el establecimiento de la comunidad inmigrante y la construcción de espacios de culto dedicados a sus santos patronos.
Apóstoles es reconocida como Capital Nacional de la Yerba Mate y sede de la Fiesta Nacional e Internacional de la Yerba Mate, además de ser capital provincial de la Semana Santa.
En diciembre de 2010 se sancionó la Carta Orgánica Municipal, que establece la elección del intendente y los concejales cada cuatro años.
En las Elecciones Legislativas Provinciales del 8 de junio de 2025, se encontraban habilitados 26.083 electores nacionales, distribuidos en 76 mesas y 11 centros de votación.